La faune de Pandora est très féroce et peut être très dangereuse pour un être humain. Ils sont en moyenne  plus grands que sur Terre, cela est dû à la gravité qui est plu faible. La plupart des animaux possèdent six membres au lieux de quatre, et ont des os renforcés de fibre de carbone. Ils peuvent être rencontrés dans tous les types de milieux, marin, terrestre, et aérien.

Le plus féroce et le plus redouté est le grand Leonopterix, un prédateur volant dont l’envergure des ailes peut mesurer jusqu’à 30m. Extrêmement agressif, il s’en est déjà pris à des appareils humains qui croisaient son chemin. En Na’vi son nom est Toeruk, ce qui peut être traduit par « dernière ombre » en français, car il s’agit de la dernière chose qui est vue avant de mourir. Un Na’vi qui parvient à se lier avec un grand Leonopterix et à la dompter porte le titre de « Toruk Makto ». Au sol, c’est le thanatore qui est le plus redouté, il se situerait au sommet de la chaîne alimentaire. Il ressemble à une panthère mais est bien plus imposant : 5.5m de long et 2.5m de haut. Il possède au niveau de la tête une carapace qui peut le protéger des armes à feu.

Parmi les herbivores, on trouve le titanothère : il ressemble à un rhinocéros mais est presque deux fois plus grand. Il possède une tête massive qui a la forme de celle d’un requin marteau. Il fait partie des rares herbivores capables de se défendre contre le grand Leonopterix et le Thanator. Les Métabêtes (surnomées « vaches à corne bleue ») sont des herbivores vivant en troupeau et souvent comparés aux bisons. Les Na’vis les chassent pour leur viande.

Certaines espèces ont été domptées par les Na’vi : les banshees, qui ressemblent à de grands reptiles volants, sont ainsi utilisés pour les déplacements aériens et les equidius, qui ressemblent à des chevaux, son utilisés pour les déplacements terrestres.